La Asociación Nacional de Estudiantes de Economía  A.C. (ANEE A.C.) fue creada por iniciativa de estudiantes de la Facultad de Economía de la Universidad Nacional Autónoma de México, del Instituto Tecnológico Autónomo de México, de la Universidad Iberoamericana, Universidad de las Américas de Puebla y de la Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Azcapotzalco, que a mediados de 1987 comenzaron a realizar reuniones preparatorias en las que se redactó la primera versión de los Estatutos de la Asociación.

 La constitución formal de la ANEE A.C. tuvo lugar en noviembre de 1988 durante el 1er Congreso Nacional de Estudiantes de Economía, organizado por la Universidad de las Américas en sus instalaciones de Cholula y en la Cd. de Puebla, con la asistencia de estudiantes de 17 escuelas de Economía de todo el país. El congreso fue inaugurado por el  gobernador de Puebla el Lic. Mariano Piña Olaya y conto con la asistencia como conferencista magistral del Premio Nobel de Economía Franco Modigliani. 

A partir de su fundación la Asociación comenzó a crecer aceleradamente y en 1991 quedo constituida legalmente como Asociación Civil. En octubre de ese año, el 4° Congreso Nacional de Estudiantes de Economía organizado por la UNAM, el ITAM, la Universidad Iberoamericana y la UAM-A fue inaugurado por el presidente de la Republica Dr. Carlos Salinas de Gortari en la Residencia Oficial de los Pinos. Ese mismo año quedaron constituidas por primera vez todas las mesas regionales de la Asociación, en la que para entonces ya participaban treinta escuelas de Economía